黄花菜是一种典型的高蛋白、低脂肪、多维生素的保健蔬菜，与冬笋、香菇、木耳齐名，被誉为“山珍海味”中的山珍。黄花菜富含碳水化合物和蛋白质，另含多种氨基酸、胡萝卜素、维生素A、B族维生素、维生素C及钙、磷、铁等营养成分，并含有琥珀酸、γ-羟基谷氨酸、β-谷甾醇、天门冬素、海藻糖酶等药用成分，观之为花、食之为菜、用之为药，具有益智健脑，解郁除烦，安神助眠，降低胆固醇，养血补虚明目，通利二便，消炎止痛，滋润皮肤、延缓衰老等功效，自古以来就是一种药食珍品。中医认为，黄花菜性平、微凉、味甘，具有益智安神、祛湿利水、解热除烦、宽胸利气、养血平肝、止血消炎、健胃通乳之功效。《日华子本草》言黄花菜治“小便赤涩，身体烦热，除酒疸”。《本草图经》谓“黄花菜安五脏、利心志、明目疗愁”。《随息居饮食谱》说它“甘平利隔，清热养心，解忧解忿”。《本草纲目》认为其能“消食，利湿热，补虚下奶，平肝利尿消肿止血”。《滇南本草》说其“补阴血、止腰痛、治崩漏、乳汁不通”。有许多病症皆可食黄花菜以辅助治疗，对因肝火引起的头晕、耳鸣、头痛、痔疮便血、小便涩痛、心神不安、神经官能症、失眠、尿道炎、产后少乳等症均具有一定的食疗作用。
黄花菜全身皆是宝，其花、茎、叶、根均既可食用又可入药。黄花菜花蕾营养全面且较一般蔬菜营养价值高，适于少年儿童生长发育需要，富含膳食纤维，适合作为老年人的保健食物，尤其是蛋白质含量很高，适合用于蛋白质缺乏人群，如肿瘤患者等患有营养消耗疾病人群、以辅助增强机体免疫力；在食疗中的功用还包括平肝养血、消肿利尿，治头晕、耳鸣、心悸、腰痛、水肿、尿路感染、缺乳、关节肿痛等，用法为煎汤、炖肉内服或捣敷外用。黄花菜根中铁、硒含量高，铁是一种良好的补血用品，硒具有防癌抗癌、增强免疫力、防治糖尿病及心脑血管疾病等多种疾病、对抗重金属元素解毒排毒保护肝脏等功能，用其根端炖肉或炖鸡，治疗贫血、月经量少、老年性头晕等，具有较好的效果；黄花根还具有抗结核和治疗血吸虫病的作用，临床上常用于治疗结核、血吸虫病、多种疾病引起的浮肿，并适合研制成抗衰老食品。叶具解毒功能。
鲜黄花菜不同部位均含有一定量的秋水仙碱，秋水仙碱本身虽无毒，但经过胃肠道的吸收，在体内氧化为“二秋水仙碱”，则具有较大的毒性，可造成胃肠道中毒，引起呕吐、腹泻等中毒症状，生产实践中常用加热法进行分解破坏，临床上却常用秋水仙碱来治疗癌症，特别对乳腺癌有一定疗效、对皮肤癌、肝癌、白血病、何杰金氏病等也有一定作用，对原发性痛风有特异作用，因此黄花菜也可研制成防治这些疾病的特殊食品。目前，秋水仙碱及其衍生物除作为抗痛风、抗肝炎、抗肿瘤等新药外，在农业及中药材育种领域也有很好的开发应用前景。