有机黄豆含有丰富的蛋白质，含量高达40%左右，最优质的可达50%左右，是有机猪肉的2倍多，有机鸡蛋的3倍，并且，有机黄豆蛋白质的氨基酸组成接近人体所需要的氨基酸，属于完全蛋白，其中赖氨基酸含量较多，但是蛋氨酸的含量却较少，所以，在以植物食品为主的农村地区，食用黄豆制品时应注意与含蛋氨酸丰富的食品搭配使用，如有机大米、面等粮食作物和鸡、鸭、鸽、鹌鹑蛋等蛋类食品。同这些有机食品一起食用，可以提高有机黄豆蛋白质的利用率，特别是有机蛋和有机黄豆搭配食用，其营养价值与肉类蛋白质不相上下。
另外，有机黄豆里含有一种叫做亚油酸的脂肪物质，能够促进儿童的神经发育，还有降低血液中胆固醇的作用，可以预防动脉硬化、高血压、冠心病。
除此之外，每一百克有机黄豆中约含铁质35.8毫克，含磷418毫克，还含有丰富的B族维生素等。虽然干的有机黄豆不含有维生素C，但是有机黄豆芽里却含有丰富的维生素C。
不过，在生的有机黄豆里，含有一种叫做抗胰蛋白酶因子的物质，这种物质会影响人体对有机黄豆内营养成分的吸收。所以，在食用有机黄豆以及其豆制食品时，烧煮时间应长于一般食品，以高温来破坏这些因子，提高有机黄豆蛋白的营养价值。