首先，酱油从制作方法上来说，有酿造和调味两种。
日本的酱油采取的是酿造方式，酿造酱油就是传统的酱油制法，不添加鲜味剂等等。本来这种方法因其传统所以比较费时、费力，成本较高但口味还不如调味酱油鲜美，所以国内很多采取酿造方法的酱油厂家顶不住调味酱油的冲击早早就停业了，但是日本人坚持了酿造方式，降低成本，优化了酿造工艺，并且将它发展成了一种文化。
调味酱油中加入了各色“现代化”的调味剂，所以发酵时间更短，口味更符合人们的标准，但是由于成分的复杂，调味酱油是否更不利于人体健康就是一个需要思考的问题了。目前国内市面上的主流酱油品牌都是调味酱油，几无例外，各种添加剂，成本比酿造更低，所以利润更大。
这就是日本酱油和国产酱油的根本区别。然而国产的酿造酱油被调味酱油所占据是一个双向的过程，一方面一些品牌采取调味法制酱油，有意转变消费者的口味；另一方面消费者对于更鲜美口味的追求也助长了调味酱油的发展。
从健康的角度来说当然是酿造的好，要知道日本的酿造酱油连防腐剂都不添加，工艺标准非常高，国内有少数厂家尽管采取酿造方法，但还打不到不添加防腐剂的工艺。
个中区别就像许多其他食品市场被占领的过程一样，就是长久健康和美味价低的博弈，在我国，还是后者胜利了。