酱油用的原料是植物性蛋白质和淀粉质。植物性蛋白质遍取自大豆榨油后的豆饼，或溶剂浸出油脂后的豆粕，也有以花生饼、蚕豆代用，传统生产中以大豆为主；淀粉质原料普遍采用小麦及麸皮，也有以碎米和玉米代用，传统生产中以面粉为主。原料经蒸熟冷却，接入纯粹培养的米曲霉菌种制成酱曲，酱曲移入发酵池，加盐水发酵，待酱醅成熟后，以浸出法提取酱油。制曲的目的是使米曲霉在曲料上生长发育，并大量产生和积蓄所需要的酶，如蛋白酶、肽酶、淀粉酶、谷氨酰胺酶、果胶酶、纤维素酶、半纤维素酶等。在发酵过程中味的形成是利用这些酶的作用。如蛋白酶及肽酶将蛋白质水解为氨基酸，产生鲜味；谷氨酰胺酶把万分中无味的谷氨酰胺变成具有鲜味的俗谷氨酸；淀粉酶将淀份水解成糖，产生甜味；果胶酶、纤维素酶和半纤维素酶等能将细胞壁完全破裂，使蛋白酶和淀粉酶水解等更彻底。同时，在制曲及发酵过程中，从空气中落入的酵母和也进行繁殖并分泌多种酶。也可添加纯粹培养的乳酸菌和酵母菌。由乳酸菌产生适量乳酸，由酵母菌发酵生产乙醇，以及由原料成分、曲霉的代谢产物等所生产的醇、酸、醛、酯、酚、缩醛和呋喃酮等多种成分，虽多属微量，但却能构成酱油复杂的香气。此外，由原料蛋白质中的酪氨酸经氧化生成黑色素及淀份经典霉淀粉酶水解为葡萄糖与氨基酸反应生成类黑素，使酱油产生鲜艳有光泽的红褐色。发酵期间的一系列极其复杂的生物化学变化所产生的鲜味、甜味、酸味、酒香、酯香与盐水的咸味相混和，形成色香味和风味独特的酱油。

1.胺基酸酱油在制麴时藉霉菌所产生之蛋白脢和淀粉脢将原科中之蛋白质及淀粉分解。下缸后，此等酵素仍继续将未被分解之蛋白质和醣类进行分解。酱油中之游离态胺基酸常以胺基态氮表示。国家标准CNS一级酱油品质(总氮1.2％，胺基态氮0.48％)。酱油中之游离态胺基酸总含量约 5-6％，其中以麸胺酸(glutamic acid)之含量，约占总胺基酸之20％。2.有机酸酱油麴下缸以后，由於耐盐性乳酸菌 Pediococtus sp.之增殖而使酱酿之PH值随之下降，由原来之 pH 6.5下降至 pH 5.0左右，而酱酿中之总酸量也随著增加。随著耐盐性酵母菌代之而起，待进入成熟期后，则改由Torulopsis sp.担任后发酵之熟成工作，在此期间酱油酿之香味成分逐渐开始显著地生成。3.醣类一般纯酿酱油中之还原糖含量在5％左右。主要醣类包括多醣、双醣及单醣等。单 醣中以五碳醣及六碳醣为主，至於四碳醣及七碳醣则未被发现